В 2004 году Kawasaki выпустила обновлённую версию ZZ-R1200 (код ZX1200C3-C4). Главное техническое изменение - передняя 43-мм вилка получила регулировку отбоя в дополнение к регулировке предварительного натяга. Аккумулятор был заменён на 12-ампер-часовой вместо прежнего 14-ампер-часового.
Двигатель и основные характеристики остались без изменений: 1164 см³, 155-159 л.с. при 9800 об/мин. Мотоцикл выпускался до 2005 года включительно, после чего был снят с производства. На смену пришёл Kawasaki ZZR1400 (Ninja ZX-14) с двигателем 1352 см³ и системой впрыска топлива.
Габариты и ходовая часть соответствовали предыдущему поколению: длина 2160 мм, колёсная база 1505 мм, высота по седлу 800 мм, сухой вес 236 кг, ёмкость бака 23 литра.