Последнее обновление Kawasaki Ninja ZX-12R (код ZX1200B3-B6F) вышло в 2004 году и выпускалось до 2006 года. Главное изменение - установка радиальных 4-поршневых тормозных суппортов вместо прежних 6-поршневых. Также мотоцикл получил новую прошивку ECU, иммобилайзер и вторичные дроссельные заслонки для более плавной подачи топлива.
Топливная система была заменена на впрыск Keihin 46 мм. Мощность двигателя составила 178 л.с. при 10500 об/мин, крутящий момент - 134 Н·м при 7500 об/мин. В 2006 году производство модели было прекращено, на смену пришёл Kawasaki Ninja ZX-14 (ZZR1400).
Габариты и характеристики соответствовали версии 2002-2003 годов: длина 2085 мм, колёсная база 1450 мм, высота по седлу 820 мм, снаряжённая масса 246 кг.