С 2001 года (серия B5) Kawasaki ZR250 Balius получил новый двигатель с изменёнными диаметром цилиндра (49 мм) и ходом поршня (33,1 мм). Мощность снизилась до 39,5 л.с. при 14000 об/мин, крутящий момент - до 20,59 Нм при 13000 об/мин. Изменения сделали мотор более плавным и тяговитым на низких оборотах.
С 2003 года (серия B7) объём топливного бака уменьшен с 15 до 14 л. В 2006 году (серия B6F) установлена многолинзовая (мультирефлекторная) фара. В 2007 году (серия B7F) - последний год выпуска, модель снята с производства из-за ужесточения экологических норм. С 2002 по 2005 год мотоцикл также продавался Suzuki под названием GSX250FX.