Первое поколение Kawasaki EX650 дебютировало в 2006 году. В Европе модель продавалась как ER-6f (faired), а в Северной Америке - как Ninja 650R. Мотоцикл оснащался рядным двухцилиндровым двигателем объёмом 649 см³ с жидкостным охлаждением, DOHC и 8 клапанами. Мощность составляла 72 л.с. при 8500 об/мин, крутящий момент - 66 Н·м при 7000 об/мин.
Рама - Diamond из высокопрочной стали. Передняя подвеска - 41-мм телескопическая вилка, задняя - офсетный моноамортизатор с регулировкой предварительной нагрузки. Тормоза - два передних диска 300 мм и задний 220 мм. ABS предлагалась как опция. Сухой вес - 178 кг, снаряжённый - около 200-204 кг. Объём топливного бака - 15.5 л.
В 2009 году модель получила небольшой рестайлинг: обновлённую переднюю оптику, новую приборную панель и улучшенную подвеску.