Третье поколение Honda XR80R выпускалось с 1993 по 2003 год. Главное новшество - замена контактного зажигания на электронное CDI (capacitor discharge ignition), что значительно повысило надёжность и упростило обслуживание. Двигатель и трансмиссия остались прежними - проверенный 80-кубовый четырёхтактник с 5-ст. коробкой передач.
В 2000 году модель получила закрытую систему вентиляции картера для предотвращения загрязнения масла и обновлённую графику в стиле команды Honda. В 2001 году был полностью обновлён пластиковый обвес - байк стал визуально напоминать старшие модели CR и XR.
В 2003 году выпуск XR80R завершился. В 2004 году на смену пришёл CRF80F с тем же двигателем, но новым названием и обновлённым дизайном в стиле серии CRF. С 2000 года байк оснащался цепью #420 х 110 звеньев, мотор - 18-мм карбюратором. Цвет - преимущественно красный (Red), с различными графическими схемами.