В 1985 году Honda провела серьёзную модернизацию XR80. Модель получила индекс R - XR80R. Главные изменения: вместо двойных задних амортизаторов установлена прогрессивная подвеска Pro-Link с одним амортизатором Showa (ход 110 мм), металлический бак заменён на пластиковый новой формы, изменена облицовка.
Зажигание оставалось контактным (points ignition) до 1992 года. Цепь - #420, с 1990 года - 110 звеньев вместо 100. Высота по седлу составляла 727-728 мм, колёсная база увеличилась до 1208 мм. Сухой вес - около 70 кг.
Цветовые схемы менялись ежегодно: с 1985 по 1989 год - Flash Red с белыми акцентами, в 1990-1991 - Shasta White с Rainbow Blue и красными элементами. В 1991 году цвет был Shasta White с Rainbow Blue, седло красное, щитки вилки и боковые панели - синие.