В 1991 году XR600R получил последние значительные обновления. Появилась картриджная вилка Showa 43 мм с улучшенной регулировкой демпфирования и новый задний амортизатор с выносным резервуаром. Главное новшество - задний дисковый тормоз с однопоршневым суппортом, заменивший барабан.
Вместе с тем Honda провела оптимизацию затрат: никесилевое покрытие цилиндра заменили чугунной гильзой, магниевые картеры - алюминиевыми, нержавеющие патрубки - стальными. Это несколько снизило мощность, но сохранило надежность. С 1992 года появилась увеличенная ось переднего колеса. С 1993 по 2000 год изменения касались только цветов и графики. В 2000 году модель получила красную расцветку Team Honda и была снята с производства, уступив место XR650R.