В 1988 году Honda провела масштабную модернизацию XR600R. Два карбюратора заменили одним 38-мм Keihin, что упростило запуск и обслуживание. Цилиндр получил никесилевое покрытие (Nikasil) для лучшего отвода тепла и долговечности. Заднее колесо увеличилось с 17 до 18 дюймов, что расширило выбор шин. Появились магниевые боковые картеры золотистого цвета.
Мотоцикл стал легче примерно на 10 кг по сравнению с первым поколением. Задний тормоз остался барабанным. Выпускная система получила два нержавеющих патрубка. В 1989-1990 годах изменения касались только цветовых схем и графики.