Последнее поколение Honda XR100R выпускалось с 1998 по 2003 год. Модель получила обновлённую графику в стиле старших XR250R и XR400R. Цветовые схемы - красный с белым или жёлтый с красным. Изменения коснулись в первую очередь внешнего вида.
Технически мотоцикл остался прежним: 99 см³, воздушное охлаждение, карбюратор, CDI-зажигание, 5-ступенчатая КПП. В 2003 году производство XR100R было прекращено. Модель заменила Honda CRF100F, построенная на совершенно другой платформе.
Всего за 22 года было выпущено несколько сотен тысяч XR100 и XR100R. Модель остаётся востребованной на вторичном рынке благодаря надёжности, доступности запчастей и простоте обслуживания.