Второе поколение XLR125R было представлено в июле 1993 года. Главное отличие - появление электростартера и 5-ступенчатой коробки передач вместо 6-ступенчатой. Передний тормоз стал дисковым (240 мм), задний остался барабанным. Мощность двигателя составляла 12 л.с. при 9000 об/мин.
Модель получила индекс JD16. Рама - стальная полудуплексная. Подвеска - телескопическая вилка спереди и Pro-Link сзади. Размер шин - 2.75-21 и 4.10-18. Объём бака - 9 литров.
Второе поколение Honda XLR125R (1993-1997) получило электростартер и 5-ступенчатую КПП. Передний тормоз - дисковый 240 мм, задний - барабанный. Двигатель - 124 куб.см, мощность 12 л.с. при 9000 об/мин. Система зажигания - CDI.
Мотоцикл был ориентирован на начинающих райдеров и использовался как для города, так и для лёгкого бездорожья. Благодаря малому весу (около 111 кг сухой) и простой конструкции, байк снискал популярность в Японии и Европе.
XLR125R (1997-2002) - рестайлинг
Рестайлинговая версия 1997 года с незначительными обновлениями. Производство завершено в 2002 году.
XLR125 (1982-1987) - первое поколение
Первое поколение XLR125 с 6-ступенчатой КПП, барабанными тормозами спереди и сзади, кикстартером. Выпускалась в базовой версии и в лимитированной серии Paris Dakar с увеличенным баком.
