В 2003 году Honda провела масштабное обновление Varadero. Главные изменения: система впрыска топлива PGM-FI (42 мм дроссель) вместо карбюраторов, 6-ступенчатая коробка передач вместо 5-ступенчатой, увеличена степень сжатия до 9.8:1. Мотоцикл получил новую приборную панель с бортовым компьютером, изменённую оптику и обновлённый дизайн боковых панелей.
Габариты увеличились: длина 2300 мм, ширина 930 мм, высота 1465 мм. Высота по седлу уменьшилась до 838 мм, дорожный просвет - до 181 мм. Ход передней подвески сокращён до 155 мм, задней - до 145 мм. Сухой вес вырос до 235 кг, снаряжённая масса - до 265 кг. С 2004 года стала доступна опциональная ABS, которая вошла в стандартное оснащение с 2005 года. Установлен более мощный генератор (434 Вт) и аккумулятор 12В-18Ач.