Honda VTR1000 SP-2 (RC51) - вторая гоночная версия, выпущенная в 2002–2006 годах. Отличалась от SP-1 увеличенными дросселями системы впрыска (с 54 до 62 мм), улучшенной алюминиевой рамой и доработанной подвеской Showa с более жёсткими настройками.
Двигатель - тот же 999 см³ V-twin, но с обновлённой головкой цилиндров и титановыми клапанами. Мощность - 136 л.с., крутящий момент - 105 Н·м. Байк выпускался в красном цвете с белыми полосами и в чёрном цвете.
SP-2 считается более совершенной версией для трека и имеет лучшую управляемость благодаря доработанной раме.