Шестое поколение VFR800 дебютировало в 2002 году. Главное изменение - замена gear-driven распредвалов на цепной привод и внедрение системы VTEC (Variable Valve Timing & Lift Electronic Control). На низких оборотах работали только два клапана из четырёх на цилиндр, что улучшало экономичность и снижало выбросы.
Модель получила новый дизайн с двумя глушителями под седлом, более острые углы кузова и опциональный ABS. В 2006 году Honda провела модернизацию: обновила приборную панель (белый фон тахометра), перенастроила ECU для более плавного перехода VTEC и установила прозрачные линзы поворотников.
Для японского рынка мощность была ограничена 80 л.с. из-за местных норм.