Пятое поколение VFR800 (по счёту поколений всей серии VFR) дебютировало в 1998 году. Мотоцикл получил индекс VFR800Fi и кодовое обозначение RC46. Двигатель объёмом 782 см³ был создан на базе гоночного мотора RC45 и отличался от предшественника VFR750F электронным впрыском PGM-FI вместо карбюраторов.
Главная особенность этого поколения - gear-driven распредвалы (шестерёнчатый привод), которые издавали характерный звук, любимый многими поклонниками VFR. Рама была выполнена из алюминия, а подвеска - 41-мм вилка HMAS спереди и одностооронний маятник сзади.
В 2000 году модель получила обновления: каталитический нейтрализатор, лямбда-зонды и систему EFI с закрытым контуром. Для европейского рынка добавили иммобилайзер HISS.