В 1986 году Honda внесла существенные изменения в конструкцию VF500F для повышения надёжности и улучшения характеристик в среднем диапазоне оборотов. Двигатель получил более мягкие распредвалы с уменьшенной продолжительностью фаз и подъёмом клапанов, карбюраторы были заменены на 30-мм (вместо 32 мм), изменена форма камер сгорания. Эти меры устранили проблемы с коленвалом, которые встречались на ранних моделях 1984 года.
Мощность снизилась примерно до 68 л.с., но крутящий момент в средних оборотах (6000-8000 об/мин) увеличился, что улучшило повседневную управляемость. Красная зона была снижена до 11 500 об/мин. Система подачи топлива стала гравитационной (с двумя топливными магистралями) вместо насосной.
Экстерьер также изменился: единственная доступная цветовая схема - Fighting Red с Shasta White и Candy Blue. Колёса стали полностью чёрными (вместо металлизированных со спицами). Переднее крыло, подножки и сёдла были красного цвета.