В 1994 году Honda провела серьезное обновление скутера. Устаревший горизонтальный AF05E был заменен на новый вертикальный двухтактный двигатель AF16E, заимствованный от популярной серии Dio. Новый мотор имел bore 39 мм и stroke 41.4 мм (суммарно 49.4 см³), степень сжатия 7.0:1 и развивал 5.6 л.с. при 6500 об/мин - почти на 50% больше, чем предшественник.
Сухой вес увеличился до 64.9 кг, колесная база выросла до 1170 мм, общая длина - до 1655 мм. Появилась новая версия Elite S (код SA50P) - ограниченная до 48 км/ч (30 миль/ч) версия для рынков с мопедным законодательством. Ограничение реализовано через шайбу вариатора, уменьшенный главный жиклер карбюратора и зауженный глушитель.
В середине 1998 года изменился диаметр задней оси: у моделей 1994-1998 - 15 мм, с 1999 - 16-16.5 мм. Двигатель AF16E открыл огромные возможности для тюнинга: доступны поршневые наборы до 80 см³, спортивные вариаторы, выхлопные системы. SA50 2001 года стал последним двухтактным скутером Honda на рынке США.
Цвета по годам: 1994-1995 - Gloss Black, Monza Red; 1996 - Pearl Majestic Purple, Pearl Hot Rod Yellow; 1997-1999 - Pearl Majestic Purple, Pearl Rio Yellow; 2000 - Pearl Majestic Purple, Gloss Black, Carbon Grey; 2001 - Gloss Black, Monza Red.