Поздняя серия Honda PK50 Wallaroo выпускалась с 1998 по 2003 год. Дизайн пластикового обвеса был слегка обновлён, изменились цветовые решения и наклейки. Двигатель - GT8R (49 см³, двухтактный, воздушного охлаждения). Коды рам - GT8S2 (1999-2000) и GT8T2 (2001).
С 2000 года скутер поставлялся с новым типом VIN-номеров формата VTMAB24..., что связано с гармонизацией европейской сертификации. В 2003 году производство модели было завершено. Всего за 14 лет выпуска было произведено несколько сотен тысяч экземпляров PK50 Wallaroo.
Наряду с основной версией PK50 продолжала выпускаться версия PK50S, отличавшаяся некоторыми деталями обвеса и декором.