Третье поколение NSR50 выпускалось с 1995 по 1999 год. Главное техническое изменение - угол кастера был уменьшен с 25 до 24,5 градусов, что улучшило поворачиваемость и точность рулевого управления.
Дизайн седла был изменён в стиле актуального на тот момент NSR250R, что подчеркнуло принадлежность к семейству NSR. Ширина мотоцикла уменьшилась с 625 до 590 мм. Высота по седлу незначительно увеличилась до 670 мм (с 665 мм).
Снаряжённая масса выросла до 87 кг, сухая - до 83 кг. Причина увеличения массы - усиление конструкции рамы и подвески. Задняя звёздочка на некоторых модификациях изменилась с 40 до 42 зубьев. Заявленный расход топлива - 59,2 км/л при 30 км/ч.