NSR50R - чисто гоночная версия без дорожного оборудования, разработанная HRC (Honda Racing Corporation). Для американского рынка модель предлагалась исключительно в 2004 году как трековый мотоцикл белого цвета. В Японии аналогичная версия продавалась под названием NSR Mini в 2004 и 2009 годах.
Главные отличия от дорожных версий: отсутствие светотехники, кик-стартера и масляного насоса - масло смешивается с топливом предварительно. Установлена улучшенная подвеска Showa с регулировками. Передняя вилка и вынос руля стали на 30 мм длиннее, что улучшило управляемость.
Сухой вес NSR50R составлял всего 73 кг (161 фунт), что на 5-10 кг легче дорожных версий. Цена MSRP в США - $3,599. Мотоцикл не предназначен для дорог общего пользования.