Второе поколение NSR50 выпускалось с мая 1989 по 1994 год. Главные изменения затронули аэродинамику и ходовую часть. Мотоцикл получил наклонный передний обтекатель (slanted cowl), удлинённый выпускной коллектор (chamber) и полноценные демпфирующие элементы подвески.
Габариты изменились: высота выросла до 935 мм, колёсная база увеличилась до 1085 мм. Снаряжённая масса составила 86 кг, сухая - 77 кг. Приводная звёздочка осталась 14 зубьев спереди, 40 сзади. Заявленный расход топлива - 58,7 км/л при скорости 30 км/ч.
Двигатель и трансмиссия остались без изменений, что говорит о хорошо продуманной базовой конструкции.