В 2006 году Honda провела важнейшее обновление NPS50. Главное изменение - новая система принудительной вентиляции картера (PCV), которая устранила давнюю проблему с подшипниками коленвала. Масло перестало загрязняться парами топлива, и ресурс двигателя значительно вырос. Кроме того, красная зона была поднята с 8 000 до примерно 8 850 об/мин, а также появился каталитический нейтрализатор в глушителе. Благодаря этим изменениям максимальная скорость выросла с 37 до 41 миль/ч (60-66 км/ч). Снаряжённая масса увеличилась до 88 кг (194 фунта).
В Японии и Европе эволюция пошла дальше: с 2007-2008 года модель перешла на электронный впрыск топлива PGM-FI. Двигатель сменил индекс на AF69E, мощность снизилась до 4,2 л.с. при 8 500 об/мин, крутящий момент - до 4,0 Н·м при 5 500 об/мин. Объём бака сократился до 4,8 л, а снаряжённая масса составила 87 кг. Североамериканские модификации остались карбюраторными. В 2008 году у NA-версий цвет индикатора поворотников сменился с оранжевого на зелёный. 2010 год был пропущен в Северной Америке из-за рецессии и переизбытка складов.