Финальная модификация MT50 S-L выпускалась с 1990 по 2000 год. Номер шасси серии - AD01-5500002. Главное техническое изменение - выпрямитель и регулятор напряжения, которые ранее были отдельными блоками, объединены в один компонент. Это потребовало новой схемы проводки. Производство этой версии продолжалось до 2000 года, и MT50 стала последним выжившим спортивным мопедом 80-х годов.
Модель окончательно снята с производства в 2000 году из-за ужесточения экологических норм, которые сделали двухтактные двигатели нерентабельными для производства.