Второе поколение Honda CRM125R выпускалось в 1994-1996 годах. Модель получила обновлённый пластик и новые цветовые решения. Основные технические характеристики остались без изменений: двухтактный одноцилиндровый двигатель объёмом 124,8 см³ с жидкостным охлаждением, 29 л.с. (в полной версии), шестиступенчатая коробка передач.
Заводской код для 1994 года - CRM125RR. Мотоцикл сохранил стальную разрезную полудуплексную раму, телескопическую вилку спереди и моноамортизатор сзади. Тормозная система - дисковые тормоза спереди (240 мм) и сзади (220 мм).
Размеры и масса остались прежними: сухой вес 118 кг, снаряжённая масса 130 кг, высота по седлу 930 мм, топливный бак 10-10,5 литра.