Заключительная глава в истории Honda CR500R. В 1993 году AMA отменила класс 500 см³ в мотокроссе, и Honda прекратила активное развитие модели. Мощность сохранилась на уровне 56 л.с. при 6000 об/мин, но крутящий момент был увеличен до 75,6 Н·м при 6000 об/мин - на 3,4 Н·м больше по сравнению с предыдущими версиями.
Конструкция оставалась практически неизменной с 1993 по 2001 год. Изменения коснулись в основном графики, цветовых схем и мелких деталей. Были изменены передаточные числа 4-й (0,955 вместо 1,000) и 5-й передачи (0,792 вместо 0,870) для лучшего использования мощности на трассе.
Габариты модели претерпели незначительные изменения по годам: в 1994 году длина составляла 2185 мм, высота по седлу 961 мм; с 1995 года длина сократилась до 2179 мм, высота по седлу уменьшилась до 937 мм, дорожный просвет - до 328 мм. Сухой вес - около 101 кг.
Последний год выпуска - 2001 для США и 2002 для Австралии. После этого модель была заменена четырёхтактным CRF450R. Несмотря на прекращение выпуска, CR500 остаётся одним из самых востребованных двухтактных мотоциклов на вторичном рынке.