В 1989 году Honda провела серьёзное обновление CR500R. Главное изменение - замена телескопической вилки на перевёрнутую (USD) вилку Showa 43 мм с ходом 310 мм и регулировками сжатия и отбоя. Инженеры также переработали головку цилиндра, чтобы сгладить пик мощности и улучшить управляемость - это также облегчило запуск двигателя кик-стартером за счёт снижения компрессии на такте прокрутки.
Конструкция выхлопной системы была серьёзно изменена - она стала напоминать современные двухтактные выпуски. Мощность сохранялась на уровне 64,6 л.с. до 1991 года включительно. С 1992 года мощность была снижена до 56 л.с. - Honda начала дефорсировать двигатель для повышения управляемости и снижения нагрузки на трансмиссию. Крутящий момент для 1989–1992 годов - 72,2 Н·м при 6000 об/мин.
Размеры модели 1989–1992: колёсная база 1489 мм (1992–1993), высота по седлу 964 мм (1992–1993), дорожный просвет 343 мм. Сухой вес - 101–106 кг.