В 1989 году Honda полностью обновила CH250. Скутер получил новый кузов обтекаемой формы, стальную трубчатую раму вместо штампованной платформы и горизонтальное расположение цилиндра (двигатель серии MF03E). Благодаря компоновке с горизонтальным цилиндром и переносу топливного бака под пол, под сиденьем появился вместительный отсек на 32 литра, способный вместить полноразмерный шлем.
Новый двигатель MF03E также имел объем 244 см³ и жидкостное охлаждение, но был полностью переработан. Приборная панель - аналоговая. Топливный насос - электрический, погружного типа. В 1989 году предлагался только один цвет - Starlight Blue Metallic, в 1990 году - Granite Blue Metallic. Продажи второго поколения были ограничены только рынком США.