С 1984 года Honda выпускала обновлённую версию C90-E (и последующие подмодели C90G, C90N, C90P, C90T), которую легко узнать по прямоугольному головному свету, угловатому обтекателю и более крупным указателям поворотов. Это поколение стало самым массовым среди 90-кубовых Super Cub и выпускалось почти 20 лет.
Двигатель остался тем же - 85,8 см³ (47 x 49,5 мм) с CDI-зажиганием, степенью сжатия 9,1:1, мощностью 7 л. с. (5,1 кВт) при 7000 об/мин и крутящим моментом 7,7 Н·м при 5500 об/мин. Коробка передач - 3-ступенчатая полуавтоматическая. Версия C90E получила электростартер (модификации C90M-E и более поздние), указатель уровня топлива на приборной панели и улучшенные органы управления на руле.
Габариты: длина 1835-1840 мм, ширина 660 мм, высота 1030-1035 мм. Колёсная база - 1175 мм. Сухая масса - 80,5-82 кг, снаряжённая - 86-88 кг. Высота по седлу - 735 мм, дорожный просвет - 130 мм. Топливный бак - 4 л (из них 0,7-0,8 л резерв).
Различные модификации отличались деталями: цветом индикаторов (хромированные или матово-чёрные), наличием/отсутствием электростартера, конструкцией передней подвески. В 2002 году выпуск C90 был прекращён в большинстве стран, хотя в некоторых азиатских и африканских регионах производство продолжалось.