В 2007 году Honda провела самую глубокую модернизацию C50. Чтобы соответствовать ужесточенным японским экологическим нормам 2006 года, двигатель получил электронную систему впрыска топлива PGM-FI с каталитическим нейтрализатором в выпускной трубе.
Конструкция мотора была серьезно переработана: появился смещенный цилиндр (offset cylinder) для снижения трения, роликовые коромысла, облегченные поршень и распредвал. Несмотря на сохранение традиционного внешнего вида горизонтального двигателя, внутренняя конструкция стала совершенно иной. Мощность составила 3,4 л.с. (2,5 кВт) при 7000 об/мин, крутящий момент - 3,8 Нм при 5000 об/мин.
Коробка передач осталась трехступенчатой полуавтоматической. Зажигание - полностью транзисторное (full transistor type). Привод - цепной. Передняя подвеска - рычажного типа (bottom link). Модель 2007 года выпускалась в версиях Standard, Deluxe и Custom.
В 2012 году байк получил рестайлинг в рамках унификации с глобальной моделью Super Cub 110: обновленный дизайн, раздельные щитки для ног, новую приборную панель. Производство продолжается для японского и азиатских рынков.