Второе поколение Yamaha BWs 50 (код модели YW50) выпускалось с 2002 по 2011 год. Скутер получил полностью новый горизонтальный двухтактный двигатель Minarelli, что позволило увеличить объём подседельного хранилища. Дизайн стал более агрессивным с характерными "глазастыми" сдвоенными фарами.
Производство было перенесено с завода MBK во Франции на завод Yamaha на Тайване. Модель продавалась с 2002 по 2005 год, затем была снята с рынка США на 2006-2007 годы из-за ужесточения экологических норм. В 2008 году вернулась с дополнительными системами снижения выбросов, которые несколько снизили мощность.
Двигатель - двухтактный одноцилиндровый с воздушным охлаждением, диаметр цилиндра 40 мм, ход поршня 39.2 мм, степень сжатия 7.0:1. Система питания - карбюратор Teikei Y14P. Мощность - около 3.3 л.с. (2.4 кВт) при 6500 об/мин, крутящий момент - 3.6 Н·м при 6000 об/мин.