В 2003 году Yamaha провела рестайлинг модели. Скутер получил название Aerox R, новый выхлопной тракт, тахометр на приборной панели и обновленную систему зажигания CDI. Степень сжатия была изменена до 7,44:1. 101-кубовая версия Aerox 100 была снята с производства.
В этот период вышли многочисленные специальные версии: Rossi Replica (2007, 2010), Team Replica (2009), Toyota F1 Edition (2010). Скутер активно использовался в качестве paddock-транспорта пилотами MotoGP команды Yamaha.
Yamaha Aerox R (2003-2012) - второе поколение популярного спортивного скутера. Главные изменения коснулись выхлопной системы, приборной панели (появился тахометр) и электроники зажигания. Двигатель остался прежним - двухтактный Minarelli объемом 49 см3 с жидкостным охлаждением.
Именно в этот период модель получила наибольшую популярность благодаря специальным версиям в стилистике MotoGP. Реплики мотоциклов Валентино Росси стали одними из самых желанных скутеров для молодых водителей в Европе.
Yamaha Aerox Naked (2012-2017)
Версия без переднего обтекателя с открытым рулем. Обновленный дизайн, новое двухместное седло со спортивной посадкой. Двигатель 49 см3, степень сжатия 12,0:1, мощность 3,3 л.с. при 6750 об/мин.
Yamaha Aerox YQ50 (1997-2003)
Первое поколение скутера с двухтактным двигателем Minarelli MA-50 объемом 49 см3. Оснащался карбюратором Dell'Orto PHBN 12HS, степень сжатия 7,9:1. Заводское ограничение скорости до 45 км/ч для соответствия европейским нормам.
