В 2012 году Yamaha представила версию Aerox Naked, отличавшуюся отсутствием переднего обтекателя и открытым расположением руля. Модель получила обновленный дизайн, новое двухместное седло со спортивной посадкой и увеличенную до 12,0:1 степень сжатия двигателя.
Мощность двигателя выросла до 3,3 л.с. при 6750 об/мин. В 2013 году вышла обновленная версия Aerox R с новым дизайном кузова, а также была представлена четырехтактная версия Aerox 4. В 2017 году производство двухтактной версии Aerox 50 в Европе было прекращено из-за ужесточения экологических норм.