В 2018-2021 годах модель Honda Pioneer 1000 получала преимущественно косметические обновления и новые цветовые схемы. Основные технические характеристики оставались неизменными. Версии Limited Edition продолжали оснащаться системой i-4WD и амортизаторами FOX QS3.
В 2021 году были представлены специальные версии Special Edition (SE) для 3- и 5-местных модификаций, которые получили с завода лебедку Warn VRX45 грузоподъемностью 2041 кг, жесткую крышу, двухсекционный ветровой экран, расширители крыльев, панель переключателей, зеркало заднего вида и 14-дюймовую светодиодную световую панель. Эксклюзивный камуфляж TrueTimber Viper Urban Camo стал отличительной чертой SE.
В 2020 году была проведена доработка шасси: изменена геометрия подвески и настройки амортизаторов для улучшения плавности хода и отзывчивости на неровностях.