В 2014 году Yamaha провела серьёзное обновление YZF-R125. Мотоцикл получил перевёрнутую телескопическую вилку диаметром 41 мм вместо прежней обычной вилки и радиальный 4-поршневой передний тормозной суппорт - компоненты, ранее доступные только на старших моделях серии R. Обновилась приборная панель - появился полноценный LCD-дисплей с цифровым спидометром, тахометром и датчиком уровня топлива.
Дизайн передней части был изменён: появился центральный воздухозаборник между фарами, как на R6 того же периода. Объём топливного бака уменьшился с 13,8 до 11,5 л, но снаряжённая масса осталась практически неизменной - 140 кг для версии без ABS и 142 кг с ABS. ABS стала опцией с 2015 года, а с 2017 года - обязательным оборудованием для всех европейских рынков.