Первое поколение Yamaha YZF-R125 дебютировало в 2008 году как замена двухтактной TZR125. Мотоцикл был построен по образу старших моделей R6 и R1 - полноразмерная рама Deltabox, алюминиевый маятник и агрессивный стиль. Двигатель объёмом 124,7 см³ оснащался электронным впрыском топлива, что было редкостью для 125-кубового класса в те годы, и развивал 15 л.с. при 9000 об/мин.
Передняя подвеска представлена обычной телескопической вилкой с перьями 33 мм, задняя - маятник с моноамортизатором. Тормозная система: передний диск 292 мм с 2-поршневым плавающим суппортом. Задняя шина - 130/70-17. Снаряжённая масса составляла около 138 кг. Бак вмещал 13,8 л топлива, что обеспечивало запас хода до 300 км.