Во второй год выпуска мотоцикл получил заметные доработки ходовой части при сохранении прежнего двигателя. Производитель заявлял: Handling improvements can be traced to a new, lighter swing arm plus, the linkage ratio has been modified. You'll even find there's a larger rear disc brake for outstanding stopping performance.
Также изменились колёса: The '99 YZ400F also has a lighter weight rear hub and now comes standard with Excel rims. These new rims and rear hub help reduce unsprung weight, contributing greatly to the handling. Двигатель остался прежним - жидкостное охлаждение, пять клапанов и дьюал-камерная головка: This revolutionary four-stroke is powered by a liquid-cooled 399cc, 5-valve, dual-overhead cam, dry-sump engine.