Первый год выпуска стал настоящим прорывом: The 1998 YZ400F was the first bike to come stock with a Keihin FCR carburetor. Мотоцикл получил жидкостное охлаждение, двойные распредвалы и пять клапанов на цилиндр - технологии, ранее не применявшиеся на серийных кроссовых мотоциклах.
Мотор сохранял высокий редлайн для четырёхтактника: the stock engine pumps out 42 horses and does it with a red line at 11,200 rpms. При этом байк был ощутимо тяжелее двухтактных конкурентов, что отмечали журналисты тестов того времени.
Одной из известных особенностей версии 1998 года стала капризная процедура запуска: владельцы отмечали, что мотоцикл требовал строгого соблюдения порядка действий при заводке горячего и холодного двигателя.