В 2008 году Yamaha вернула 2-тактный YW50 на рынок после трёхлетнего перерыва. Конструктивно скутер остался прежним: тот же двигатель Minarelli 49 см³ с воздушным охлаждением, карбюратор и вариатор CVT. Однако мотор прошёл доработку для соответствия более строгим экологическим стандартам - в карбюратор и систему выпуска были внесены изменения, ограничивающие выбросы. Это привело к некоторой потере динамики по сравнению с версией 2002-2005 годов.
Для частичной компенсации снижения тяги были скорректированы передаточные числа редуктора. В остальном скутер сохранил узнаваемый дизайн, широкие шины и прочную конструкцию. Выпуск данной модификации завершился в 2011 году, уступив место полностью переработанному 4-тактному поколению.