Yamaha YSR50 второго поколения (заводской тип 2UE) выпускался с 1988 по 1992 год. Основные изменения коснулись шасси и эргономики, тогда как силовой агрегат остался прежним.
Модель получила раму типа double cradle с нижней трубой, повысившей жёсткость конструкции, а также изменённый угол наклона вилки. Спереди установлен перфорированный тормозной диск, улучшены подножки, а педаль тормоза смещена внутрь. Изменены способ крепления двигателя и расположение выпускной трубы.
Второе поколение предлагалось в обновлённых окрасках, включая красно-белую и чёрно-жёлтую гаммы.