Второе поколение Yamaha FZ6N S2 было представлено в октябре 2006 года на выставке Intermot для модельного ряда 2007 года. Это было значительно более глубокое обновление по сравнению с 2006 годом.
Основные изменения S2:
- Чёрная рама и чёрный двигатель (вместо серебристых)
- Новые четырёхпоршневые моноблочные тормозные суппорты спереди
- Новая приборная панель с аналоговым тахометром и цифровым спидометром (как у Yamaha FZ1)
- Анодированные перья передней вилки с изменёнными настройками демпфирования
- Новый маятник изменённой формы
- Трёхкомпонентный каталитический нейтрализатор
- Новое сиденье
- Новые подножки пассажира
- Опциональная антиблокировочная система ABS
В 2008 году модель технически не изменилась, за исключением чёрного переднего обтекателя вокруг фары (независимо от цвета мотоцикла). В 2009 году более комфортное сиденье стало стандартным.
Двигатель остался прежним - 600 см³, 98 л.с. при 12 000 об/мин, 63,1 Н·м при 10 000 об/мин.