Первое поколение Yamaha FZ6N выпускалось с 2004 по 2006 год. Мотоцикл получил алюминиевую раму серебристого цвета, изготовленную по технологии CF-литья. Передние тормоза - два диска диаметром 298 мм с двухпоршневыми скользящими суппортами. Приборная панель - комбинированная: аналоговый тахометр в виде шкалы и цифровой спидометр.
В 2006 году модель получила небольшие обновления: колёса и маятник окрашены в чёрный цвет, оптимизирована карта системы впрыска для увеличения крутящего момента на низких оборотах, установлен металлический сотовый катализатор для соответствия нормам EU2 и CARB.
Двигатель - 600 см³, 98 л.с. при 12 000 об/мин, 63,1 Н·м при 10 000 об/мин. Система питания - групповой впрыск топлива с 36-мм дроссельными заслонками.