В 1994 году Yamaha провела рестайлинг модели XTZ 660 Ténéré. Мотоцикл получил заводские коды 4MY, 4NW и 4NV. Главные внешние изменения - две круглые фары вместо прямоугольной и новый дизайн пластика с приборной панелью, унифицированные со старшей моделью XTZ750 Super Tenere.
Из-за ужесточения экологических норм мощность двигателя снизили до 46 л.с. (33,8 кВт) при 6250 об/мин, крутящий момент - до 56 Нм при 5250 об/мин. Габариты изменились: ширина уменьшилась до 845 мм, а высота увеличилась до 1385 мм (за счёт нового обтекателя). Снаряжённая масса выросла до 197 кг. Объём масла в двигателе - 3,0 литра.
В 1995 году производство было временно приостановлено из-за низкого спроса. В 1996 году выпуск возобновили, но продажи оставались слабыми, и в том же году модель окончательно сняли с конвейера. Официальные продажи новых мотоциклов продолжались до 1999 года.