Финальная модификация Yamaha XT350 выпускалась всего два года - 1999 и 2000. Основным отличием от предыдущих версий стало снижение мощности двигателя до 27 л.с. (19,7 кВт) при 8000 об/мин из-за ужесточения требований по шуму и выбросам. Снижение достигалось за счет установки ограничительных пластин во впускном тракте.
Крутящий момент при этом даже немного вырос - до 30 Нм при 7000 об/мин. Карбюратор остался прежним - 24-миллиметровый Teikei. Размеры, масса, ходовая часть и подвеска полностью совпадают с версией 1985-1998 годов. Внешне отличить позднюю версию можно по декалям и цветовым решениям.
В 2000 году производство модели было прекращено окончательно. Yamaha не стала выпускать прямое наследника XT350 на европейском рынке, сфокусировавшись на более крупных моделях XT600 и XT660. Тем не менее, двухлетняя версия 1999-2000 годов остается востребованной на вторичном рынке благодаря тем же качествам, что и старшие выпуски: надежность, ремонтопригодность и универсальность.