Первая и основная модификация Yamaha XT350 выпускалась с 1985 по 1998 год. За 13 лет производства конструкция мотоцикла практически не менялась, что подтверждает удачность инженерного решения. Именно эта версия считается наиболее полной по характеристикам и пользуется наибольшим спросом у поклонников модели.
Двигатель на этой версии развивал 31,5 л.с. (22,8 кВт) при 7500 об/мин и 29,5 Нм крутящего момента при 7000 об/мин. Благодаря отсутствию ограничительных пластин во впускном тракте мотор был более отзывчивым и тяговитым на средних оборотах. Во всем остальном - ходовая часть, подвеска, тормоза, габариты и масса - модификация идентична поздним выпускам.
В некоторых странах с 1986 по 1990 год продавались версии Reduced Effect с пониженной мощностью, но основная масса мотоциклов поставлялась с полной отдачей. Цветовые схемы менялись по годам: популярными были комбинации белого с красным, синего с белым и желтого с черным.