Второе поколение Yamaha XSR900 было представлено в 2022 году и стало полным обновлением модели. Байк получил новый двигатель CP3 объёмом 890 см³ (ход поршня увеличен до 62.1 мм) мощностью 119 л.с. при 10000 об/мин и крутящим моментом 93 Нм при 7000 об/мин. Мотор стал на 1.7 кг легче.
Рама - новая, из алюминиевого литья Controlled Filling, с толщиной стенок всего 1.7 мм. Колёсная база увеличена до 1495 мм. Передняя подвеска - 41-мм вилка KYB с полным набором регулировок (преднатяг, отбой, сжатие). Главный тормозной цилиндр - радиальный Brembo. Модель оснащается 3.5-дюймовым TFT-дисплеем, полностью светодиодной оптикой и круиз-контролем.
Электроника включает 6-осевой IMU, управляющий системами: трекшн-контроль (TCS), контроль скольжения (SCS), контроль подъёма переднего колеса (LIF), контроль торможения (BC) с учётом угла наклона. Быстрое переключение передач (QSS) работает вверх и вниз. Доступны 4 режима движения и режим настройки YRC. Версия GP появилась в 2024 году.