Первое поколение Yamaha XSR900 выпускалось с 2016 по 2021 год. Байк базировался на платформе MT-09 (FZ-09): алюминиевая рама Diamond и трёхцилиндровый двигатель CP3 объёмом 847 см³. Мотор выдавал 115 л.с. при 10000 об/мин и 87.5 Нм крутящего момента при 8500 об/мин.
Передняя подвеска - 41-мм перевёрнутая вилка с регулировкой отбоя и преднатяга. Задняя подвеска - маятник с моноамортизатором. Тормоза: два передних диска 298 мм с 4-поршневыми радиальными суппортами, задний диск 245 мм. Модель оснащалась ABS, трекшн-контролем с тремя режимами и системой выбора режимов движения D-Mode.
В 2017 году вышла версия Abarth с полуобтекателем и выхлопом Akrapovic. С 2018 года стала доступна опция быстрого переключения передач. Мотоцикл предлагался в различных цветовых решениях, включая лимитированную серию 60th Anniversary в жёлто-чёрной расцветке.