В 2009 году Yamaha XF50 получила важное обновление: калибровки системы впрыска топлива были изменены для улучшения управляемости в городском цикле. Мощность выросла до 4,2 л.с. (3,1 кВт) при 8000 об/мин, крутящий момент - до 3,9 Нм при 6500 об/мин. Снаряжённая масса снизилась до 88 кг.
Цветовая гамма пополнилась двумя новыми оттенками: тёмно-зелёным и бежевым. В 2010 году в Канаде добавился цвет Dark Greenish Gray (камуфляжный тёмно-серый), в 2011 году в США - Pearl White (белый перламутр). После 2011 года модель была снята с продаж в Северной Америке и Европе, но продолжала выпускаться в Японии.