В марте 2004 года Yamaha провела полную смену поколений XC50. Модель получила новый 4-тактный двигатель жидкостного охлаждения A304E (позднее A313E) с тремя клапанами (2 впускных, 1 выпускной) и верхним расположением распредвала (SOHC). Мотор развивал 5,2 л.с. (3,8 кВт) при 8000 об/мин и крутящий момент 4,6 Нм при 6500 об/мин. Степень сжатия составила 12:1.
Дизайн был полностью обновлён: кузов приобрёл более округлые очертания, появилась телескопическая передняя вилка вместо рычажной, а также литые алюминиевые колёса с пятью спицами. Была внедрена фирменная система G-Lock для защиты от кражи, включающая замок руля, блокировку замка зажигания и блокировку заднего колеса. Под седлом размещался отсек для полноразмерного шлема.
В 2008 году скутер получил систему электронного впрыска топлива (FI), которая заменила карбюратор. Мощность при этом незначительно снизилась (до 4,2 л.с.), но улучшилась приёмистость, холодный пуск и экономичность. Расход топлива составлял около 1,5–2,0 л/100 км в зависимости от условий. На японском рынке модель выпускалась до 2016 года, на североамериканском - до 2018 года.