WR500ZE - модификация 1993 года, завершающая двухлетний цикл производства модели WR500Z. Конструктивно полностью идентична версии 1992 года WR500ZD. Изменения коснулись только модельного кода и, предположительно, цветового оформления. Производство мотоцикла было прекращено в конце 1993 года из-за низкого спроса - всего было выпущено около 1000 экземпляров обеих модификаций.
Двигатель, рама, подвески, трансмиссия и тормозная система не претерпели никаких изменений по сравнению с версией 1992 года.