В 2002 году Yamaha WR426F получила обновлённую карту зажигания (Digital CDI) для более точного управления искрообразованием. По заявлениям производителя, это обеспечило более быстрый и резкий отклик на открытие дросселя, особенно в среднем диапазоне оборотов. Остальные компоненты мотоцикла остались без изменений относительно версии 2001 года: те же рама, подвески, двигатель и трансмиссия.
Код модели для 2002 года - 5NG5 (США), 5NG6 (Европа), 5NG8 (Канада, Австралия, Новая Зеландия, ЮАР). Мотоцикл был доступен в цветах Team Yamaha Blue/White. В 2002 году модель завершила свой выпуск, уступив место WR450F с увеличенным до 449 см³ двигателем и электрическим стартером.