Модель 2001 года стала первой итерацией Yamaha WR426F. Мотоцикл базировался на шасси YZ426F и получил 426-кубовый двигатель с титановыми клапанами, позаимствованный у кроссовой версии. WR426F оснащалась широкодиапазонной 5-ступенчатой трансмиссией, 46-мм перевёрнутой вилкой Kayaba и полностью регулируемым задним амортизатором. Объём топливного бака составлял 8 литров.
На заводе мотоцикл поставлялся с ограничениями для соответствия нормам шума: вставка в глушитель, крышка воздушного фильтра и ограничитель хода газа (только половина оборота ручки). После снятия этих ограничений мощность двигателя существенно возрастала. Код модели - 5NG1 (США), 5NG2 (Европа), 5NG4 (Канада, Австралия, Новая Зеландия, ЮАР).